Sanitasyon programının önemli bir bileşeni olan dezenfeksiyon, koruyuculuk açısından kritik bir rol oynar. Temizlik sonrası dezenfekte edilen alanların kullanım yoğunluğu ve çapraz bulaşma kaynaklarına maruz kalması, yeniden enfeksiyon riskini arttırır. Bu nedenle, her alan için kapsamlı risk analizi yapmak ve dezenfeksiyon işlemlerini düzenli olarak tekrarlamak önemlidir.
Günlük temizlik uygulamarı dışında özellikle üretim hatlarında Deep Cleaning yapabilecek ekipler ile çalışmalar yapılmaktadır.